Родители блаженного Нифонта, в миру Никиты, благочестивые и зажиточные киевляне, обучили сына грамоте и воспитали в страхе Божьем. После их смерти сын роздал имение бедным и посвятив себя иноческой жизни, усердно подвизался в посте и молитвах в Печерском монастыре. В конце 1129 г. Иоанн, епископ Новгородский, оставил кафедру, и на его место был рукоположен Нифонт, муж богобоязненный и благочестивый.

Долгие годы руководил епископ делами Церкви, верой и правдой наставлял паству. В 1135 г. преподобный Нифонт примирил киевлян с черниговцами. С 1147 г. для святителя начались тяжелые времена.

Великий князь Изяслав предложил собору пастырей посвятить в митрополиты без согласия Царьграда затворника Климента. Онуфрий, епископ Черниговский, и еще три епископа говорили, что по древним правилам три епископа могут поставить первого епископа области. Нифонт и вместе с ним Грек Мануил, епископ Смоленский, утверждали, что митрополита посвящает патриарх. Климент, несмотря на несогласие Нифонта, все же был посвящен в Киеве.

В 1148 г. по желанию новгородцев Нифонт отправился в Суздаль для заключения мира с князем, и Юрий, враг Изяслава, с почестями принял пастыря и согласился отпустить с епископом пленников. Юрий пожелал также, чтобы Нифонт освятил новые храмы в Суздале. Преподобный исполнил его пожелание, испросив сначала разрешение местного архипастыря.

В следующем году Нифонта вызвали в Киев держать ответ за то, что не поминал в молитвах нового митрополита. Он был заключен в Печерский монастырь, но ненадолго – в том же году Юрий овладел Киевом и отпустил Нифонта в Новгород, где его встретили с радостью.

В 1153 г. Нифонтом был основан каменный храм Святого Климента. Между тем Изяслав снова вошел в Киев, и Климент оставался на кафедре митрополита до 1154 г. Блаженный Нифонт, сколько ни убеждали его уговорами и угрозами покориться Клименту, не отказался от своих убеждений и искал себе защиты у патриарха.

Тем временем в Константинополе не замедлили избрать и посвятить нового митрополита – грека. И Нифонт, получив известие из Царьграда, поспешил в Киев, чтобы встретить долгожданного святителя. Но свидеться им довелось уже в другой жизни – в Киеве блаженный Нифонт сильно занемог и скончался.