Пафнутий, в миру Парфений, был внуком Батыева баскака, сборщика дани в Боровске. После смерти татарского хана, когда многих баскаков выгнали из русских областей, дед Парфения остался в России и принял христианскую веру с именем Мартин. Родители Парфения, Иоанн и Фотиния, были зажиточными людьми и имели несколько поместий. В одном из них, в селе Кудинове, что в трех верстах от Боровска, он и родился.

Обучившись грамоте, Парфений полюбил читать Священное Писание, и оно направило его на иноческий путь. К двадцати годам он поступил в Боровский Высокий монастырь Покрова Богоматери, приняв имя Пафнутий, и стал учеником преподобного Никиты, ученика святого Сергия Радонежского. Он быстро созрел для духовной жизни под руководством слепого, престарелого, но умудренного опытом священноинока Никиты и был избран игуменом. Пафнутий обладал пророческим даром. Так, например, он узнал убийцу князя Димитрия Шемяки в незнакомце, пришедшем в иноческой одежде в обитель: «Этот человек не очистился от крови иночеством», - сказал о нем преподобный своим ученикам. И в самом деле оказалось, что это был боярин Иван Котов, бывший любимец Димитрия Шемяки, давший князю отраву...

После тяжелой болезни Пафнутий оставил монастырь, принял схиму и поселился с одним иноком в густом лесу, в двух верстах от Боровска, на реке Истреме. Многие помещавшие его пожелали поселиться рядом. Со временем здесь возникла новая обитель и начала быстро процветать. Это вызвало неудовольствие боровского князя Василия Ярославича, на земле которого находился монастырь Высокий, утративший свое значение с тех пор, как Пафнутий оставил его. Дело дошло до того, что князь Василий начал посылать своих слуг, чтобы поджечь обитель... Это не удавалось, так как посланные всякий раз встречали у ворот самого Пафнутия. Нашелся, однако же, удалец, взявшийся исполнить волю князя.

- Зачем ты, друг мой, пришел сюда? - ласково спросил Пафнутий, когда увидел его.

Пораженный приветливостью старца, поджигатель сознался в своем дурном умысле. Но незлобивый инок простил и его, и князя. Всех и всегда он обезоруживал своей кротостью, и вскоре слава о его святой жизни распространилась по всем окрестным областям.

Число учеников приумножалось, и возникла надобность в другой обители. Пафнутий приступил к постройке каменного храма в честь Божьей Матери. Наряду с братией он носил кирпичи, воду, помогал растворять известь, таскал песок.

Во время голода в обители Пафнутия ежедневно питалось до тысячи человек, пока не истощились все запасы.

Но, несмотря на все свои заслуги, преподобный Пафнутий испытал много обид и огорчений от сильных мира сего, и в особенности от удельных князей.

За несколько дней до смерти Пафнутий почувствовал близкую кончину и втайне стал готовить к ней, но до самого конца не прекращал работать. Наконец, с молитвой на устах Пафнутий тихо отошел к Господу. При отпевании блаженного старца было пролито много слез о том, кто хотя и отрекся от мира, но не отрекся от любви к людям...